Начнём с того, что живой организм и живой космос не система, не механизм. Жизнь вообще неимоверно сложнее любой системы и систематизации не поддаётся в принципе. Только какие-то отдельные части, и то очень условно.
Человек - микрокосм. Взаимоотношения тела-души-духа не являются взаимоотношениями частей одной системы и не работают по причинно-следственным связям. Это очень сложные, антиномические отношения, как "неслиянно и нераздельно". И если отношения души и тела ещё как-то можно, хотя и с оговорками, описать, то отношения души и тела с духом - таинственны, не поддаются описанию, о них можно говорить только языком образов и символов, но не языком определений.
Как Творец космоса не является ни объектом, ни частью тварного космоса, но присутствует в нём везде и нигде, так и дух в человеке-микрокосме - его творческое начало, но сама постановка вопроса о его месте в этой "системе" лишена смысла.
Да, исток свободы, творчества, первичных установок воли - в духе. И зло, как противобожеская воля, зародилось в духе, а не в материи. Но сама духовная реальность не объективна и не субъективна, в ней нет внешнего и внутреннего миров, она принципиально иная, чем реальность материального (относительного) мира, хотя сама эта относительная реальность является частью реальности абсолютной (духовной). Но в самом духе отношения частей и целого совершенно иные: одно и то же место в одно и то же время может занимать бесконечное число предметов и событий, а духовный опыт каждого является внутренним опытом всех.
Я уже приводил выше аналогию со стихами и поэтом, картиной и художником. Так и дух в человеке, как поэт в стихах, а художник в картине. Он там есть, но его там нет. Время, по Козыреву, является творчески активной силой, своего рода "кисточкой в руках Творца". Эта "кисточка" и организует, и направляет космос, воплощая в нём Замысел Художника. Но Сам Художник (Дух) не находится внутри этого космоса, и вопрос о Его месте в "системе" не имеет смысла, хотя Он вездесущ и пребывает в каждой точке пространства.
То же и о микрокосме - дух человеческий в нём "работает", как Творец в большом Космосе. И одним из инструментов ("кисточкой") в этой творящейся картине является Время. Не то которое измеряется часами, а то которое выстраивает смысловые цепочки событий (первопричина их зачастую находится в будущем, а не в прошлом). Впрочем, само разделение на прошлое и будущее также условно и существует не в духовной реальности, а в материальной. В духовной реальности картина пишется целостно: то там мазок, то тут, - а не линейно. Вечность - это полнота времён, а не отсутствие времени. Или полнота бытия, а не его отсутствие.
По-моему, этот разговор уже перерос добрую Курилку. На форуме есть несколько десятков больших тем, где продолжение такого разговора было бы уместней.